Mewtwo, Pokémona vytvoreného pomocou bioinžinierstva z DNA Mew, jedného z najvzácnejších Pokémonov zo všetkých. Po jeho úteku z laboratória, kde bol vytvorený, je Mewtwo odhodlaný dokázať svoju vlastnú nadradenosť. Láka množstvo talentovaných trénerov do bitky Pokémonov ako nikdy predtým - a Ash a jeho priatelia túto výzvu samozrejme prijmú!